El Opus Dei –o más exactamente la Prelatura de la Santa Cruz y Opus Dei, o simplemente Prelatura del Opus Dei- es una Prelatura personal. Tal figura jurídica fue creada por el Concilio Vaticano II, en el Decreto Presbyterorum Ordinis n. 10, y está recogida por el Código de Derecho canónico de 1983. Hasta el momento presente la única prelatura personal que ha erigido la Santa Sede es el Opus Dei.

Una Prelatura personal es una entidad de carácter jurisdiccional, prevista por el derecho canónico como una ayuda de la Santa Sede a la misión pastoral de las Iglesias particulares, dedicada a una función pastoral concreta. Se puede componer sólo de sacerdotes, y también de laicos y sacerdotes. Es, por lo tanto, fruto de la sollicitudo omnium Ecclesiarum, o solicitud por todas las Iglesias particulares del Romano Pontífice. Se rigen por el Código de Derecho Canónico y por sus Estatutos, que aon aprobados por el Romano Pontífice. En el caso del Opus Dei los Estatutos fueron promulgados por el Papa Juan Pablo II mediante la Bula Ut sit, el 28 de noviembre de 1982. En la Bula Ut Sit se establece que la Prelatura del Opus Dei está compuesta por sacerdotes y laicos. Sus Estatutos estableen que el Opus Dei depende de la Congregación de los Obispos, en la Curia Romana.

La sabiduría. Ayuntamiento de Tarazona (España)

Al frente de una Prelatura se encuentra el prelado, el cual es el Ordinario propio de los fieles de la Prelatura para los fines específicos de la Prelatura. De acuerdo con sus Estatutos, en el gobierno del Opus Dei, el prelado cuenta con la colaboración de un consejo de mujeres, la Asesoría Central, y otro de hombres, el Consejo General. Ambos tienen su sede en Roma. Como Ordinario propio, el prelado puede erigir seminarios para la formación de los futuros sacerdotes de la prelatura. También puede incardinar a los candidatos al sacerdocio. En el Annuario Pontificio consta que hay dos seminarios erigidos por el Opus Dei.

Los estatutos establecen además congresos generales, que se celebran ordinariamente cada ocho años, con participación de miembros procedentes de los distintos países donde está presente el Opus Dei. En esos congresos se estudia la labor apostólica de la prelatura y se proponen al prelado las líneas para su futura actividad pastoral. El prelado procede en el congreso a la renovación de sus consejos.

Cuando es preciso nombrar nuevo prelado, se convoca con este fin un congreso general electivo. El prelado es elegido -según las normas del derecho universal y particular- entre los componentes del presbiterio de la prelatura que reúnen ciertas condiciones: edad, antigüedad en el Opus Dei, experiencia sacerdotal y otras. Su elección ha de ser confirmada por el Papa , que de ese modo confiere el oficio de prelado. El prelado no es, necesariamente, obispo; hasta el momento presente el Papa ha designado Obispo a los dos prelados que ha habido, Monseñor Alvaro del Portillo -prelado de 1982 hasta 1994, y obispo desde 1991- y Monseñor Javier Echevarría, prelado desde 1994 y obispo desde 1995. En ambos ocasiones al nombrarles Obispos el Papa les ha dado sedes titulares.

El Opus Dei se distribuye en áreas o territorios, denominados regiones. Al frente de cada región -cuyo ámbito puede o no coincidir con un país- hay un vicario regional, con sus consejos: Asesoría Regional para las mujeres y Comisión Regional para los hombres.

Algunas regiones, a su vez, se subdividen en delegaciones de ámbitos más reducidos. En este caso, se repite la misma organización del gobierno: un vicario de la delegación y dos consejos.

Finalmente, a nivel local existen los centros del Opus Dei, que organizan los medios de formación y la atención pastoral de los fieles de la prelatura de su ámbito. Los centros son de mujeres o de hombres. En cada uno hay un consejo local, presidido por un laico -la directora o el director- y con al menos otros dos fieles de la prelatura. Para la específica atención sacerdotal de los fieles adscritos a cada centro, el Ordinario de la prelatura designa un sacerdote de su presbiterio.

Ningún cargo de gobierno, salvo el del prelado, es vitalicio.

Al Opus Dei puede pertenecer cualquier fiel católico de cualquier condición, soltero, casado o viudo. Los fieles se incorporan mediante un contrato, que se celebra oralmente. Por lo tanto sólo pueden incorporarse los católicos mayores de edad. Además, al calor del Opus Dei se forman los Cooperadores: puede recibir el nombramiento de Cooperador del Opus Dei cualquier persona -también los no católicos, o los no cristianos- que deseen, con su oración, sus donativos o su trabajo, alentar y ayudar al trabajo del Opus Dei, o a las labores sociales y apostólicas que desarrollan los fieles del Opus Dei. Por el nombramiento de Cooperador no se entra a formar parte del Opus Dei.

Los estatutos del Opus Dei  también constituyen la Sociedad Sacerdotal de la Santa Cruz: se trata de una asociación, indisolublemente unida a la Prelatura del Opus Dei, y cuyo Presidente General es el prelado. A ella pertenecen los sacerdotes incardinados en la Prelatura del Opus Dei, y aquellos sacerdotes seculares, incardinados en sus respectivas Iglesias particulares, que deseen recibir su dirección espiritual al calor del Opus Dei. Su incorporación a la Sociedad Sacerdotal de la Santa Cruz, por lo tanto, no altera su dependencia orgánica de su Obispo, el cual  sigue siendo su Ordinario.